Un dels eixos d'actuació d'AQU Catalunya és la col·laboració amb les universitats pel que fa a les polítiques d'assegurament de la qualitat docent. Aquesta activitat es concreta en els programes següents:
- Certificació dels mèrits docents del professorat, a partir de l'aplicació dels manuals d'avaluació docent. Així, l'avaluació de l'activitat docent del professorat funcionari i contractat a les universitats públiques catalanes per a l'assignació dels complements retributius autonòmics es duu a terme d'acord amb el model d'avaluació de cada universitat, que es concreta en un manual d'avaluació docent, que ha d'haver estat certificat i acreditat per AQU Catalunya.
- Emissió dels informes d'activitat docent. La certificació o avaluació de l'activitat docent del professorat, a banda de reconèixer que el sol·licitant posseeix una carrera docent consolidada, és un dels requisits que, si escau, poden establir les universitats en els concursos d'accés a les categories de professor agregat i catedràtic.