El sistema de gestió intern de la qualitat d'AQU Catalunya és un mecanisme que permet la gestió de l'organització d'una manera sistemàtica i visible tant per a l'equip directiu com per al seu personal.

El 5 de juny de 2000 AQU Catalunya se certificava en la norma ISO 9002:1994, convertint-se en la primera agència europea de qualitat que va aconseguir aquest certificat. Anualment, sotmet el seu sistema a les corresponents auditories que certifiquen el seu funcionament. El 2009 va renovar el certificat amb l'edició de 2008 de la norma ISO 9001.

El sistema de gestió de la qualitat que s'ha implantat és coherent amb:

• La missió, la visió i l'estratègia de la direcció.
• La política de qualitat i seguretat aprovada pel Consell de Direcció.
• Les normatives legals que s'han d'aplicar a AQU Catalunya. 
• Els requisits de la norma internacional ISO 9001:2008.

16.09.2011