El president o presidenta d'AQU Catalunya, que també ho és del Consell de Direcció i de la seva Comissió permanent, és nomenat pel govern de la Generalitat a proposta de la persona titular del departament competent en matèria d'universitats, d'entre personalitats de reconegut prestigi en l'àmbit universitari, per un període de quatre anys renovable. Entre les funcions del president o presidenta d'AQU Catalunya destaquen:

• Vetllar per l'assoliment dels objectius fixats
• Exercir la representació institucional d'AQU Catalunya
• Informar el Govern i el Parlament de Catalunya sobre l'activitat de l'Agència
  

El president d'AQU Catalunya és el Dr. Joaquim Prats Cuevas.

01.01.2009