Consell de Govern i Comissió Permanent
El Consell de Govern és l'òrgan superior de govern d'AQU Catalunya i li corresponen, entre altres, les funcions següents:
- Aprovar el programa d'activitats de l'Agència
 - Establir les polítiques i els objectius estratègics
 - Aprovar el balanç, el compte de resultats i la memòria econòmica
 
El Consell de Govern pot actuar en Ple o en Comissió Permanent.
Consell de Govern
Els membres del Consell de Govern són:
- Francesc Xavier Grau Vidal (president d'AQU Catalunya)
 - Joan Guàrdia Olmos (rector de la Universitat de Barcelona)
 - Javier Lafuente Sancho (rector de la Universitat Autònoma de Barcelona)
 - Francesc Torres Torres (rector de la Universitat Politècnica de Catalunya)
 - Eulàlia de Nadal Clanchet (rectora de la Universitat Pompeu Fabra)
 - Josep Antoni Rom Rodríguez (rector de la Universitat Ramon Llull)
 - Jaume Puy Llorens (rector de la Universitat de Lleida)
 - Joaquim Salvi Mas (rector de la Universitat de Girona)
 - Josep Pallarès Marzal (rector de la Universitat Rovira i Virgili)
 - Àngels Fitó Bertran (rectora de la Universitat Oberta de Catalunya)
 - Josep-Eladi Baños Díez (rector de la Universitat de Vic - Universitat Central de Catalunya)
 - Alfonso Méndiz Noguero (rector de la Universitat Internacional de Catalunya)
 - Arcadi Gual Sala (rector de la Universitat Abat Oliba CEU)
 - Joan Corominas Guerin (president del Consell Social de la Universitat de Barcelona)
 - Tania Nadal Vicens (presidenta del Consell Social de la Universitat Autònoma de Barcelona)
 - Montserrat Guàrdia Güell (presidenta del Consell Social de la Universitat Politècnica de Catalunya)
 - Montserrat Vendrell Rius (presidenta del Consell Social de la Universitat Pompeu Fabra)
 - Delfí Robinat Català (president del Consell Social de la Universitat de Lleida)
 - Maria Assumpció Vila i Simon (presidenta del Consell Social de la Universitat de Girona)
 - Josep Poblet Tous (president del Consell Social de la Universitat Rovira i Virgili)
 - Neus Vidal Martínez (Universitat de Barcelona, acadèmica)
 - Flocel Sabaté Curull (Universitat de Lleida, acadèmic)
 - Carles Sigalés Conde (Universitat Oberta de Catalunya, acadèmic)
 - Pau Maza Díaz (Consell de l'Estudiantat de les Universitats Catalanes, estudiant)
 - Nil Cassany Redorta (Consell de l'Estudiantat de les Universitats Catalanes, estudiant)
 - Xavier Espluga Corbalán (Comissió Obrera Nacional de Catalunya, representant de les organitzacions sindicals)
 - Alexandre de le Court (Unió General de Treballadores i Treballadors de Catalunya, representant de les organitzacions sindicals)
 - Miquel Soriano Ibáñez (director general d'Universitats)
 - Teresa Sanchis Estruch (directora general de Recerca)
 - Maria Pau Ginebra Molins (presidenta de la Comissió d'Avaluació de la Recerca)
 - Mercè Gisbert Cervera (directora d'AQU Catalunya)
 - Maria Giné Soca (secretària d'AQU Catalunya)
 
Comissió Permanent
Criteris per al nomenament de la Comissió Permanent
Els membres de la Comissió Permanent són:
- Francesc Xavier Grau Vidal (president d’AQU Catalunya)
 - Javier Lafuente Sancho (rector de la Universitat Autònoma de Barcelona
 - Àngels Fitó Bertran (rectora de la Universitat Oberta de Catalunya)
 - Montserrat Guàrdia Güell (presidenta del Consell Social de la Universitat Politècnica de Catalunya)
 - Delfí Robinat Català (president del Consell Social de la Universitat de Lleida)
 - Neus Vidal Martínez (Universitat de Barcelona, acadèmica i presidenta de la Comissió d'Apel·lacions d'AQU Catalunya)
 - Gerard Bosch (representant del Consell de l’Estudiantat de les Universitats Catalanes)
 - Xavier Espluga Corbalán (representant sindical de les Comissió Obrera Nacional de Catalunya)
 - Miquel Soriano Ibáñez (director general d’Universitats)
 - Maria Pau Ginebra Molins (presidenta de la Comissió d’Avaluació de la Recerca d’AQU Catalunya)
 - Mercè Gisbert Cervera (directora d'AQU Catalunya)